日據時期，甲仙設庄役場，自阿里關支廳改為甲仙庄，舉行街疫制度，本所早期即屬於庄疫場管轄衛生單位民國39年3月14日設立甲仙鄉衛生所，隸屬於甲仙鄉公所。
民國64年改隸於台灣省衛生院。
民國65年擴建成立甲仙醫療中心。
民國69年設立小林衛生室。
民國70年設立關山衛生室。
民國71年新建衛生所後棟。
民國72年設立大田衛生室。
民國73年7月2日成立甲仙鄉群體醫療執業中心。
民國76年增建衛生所前棟1樓。
民國81年增建前棟2、3樓。
民國91年甲仙鄉衛生所空間規劃專案。
民國99年12月25日高雄縣市正式合併改制為甲仙區衛生所。
民國113年1月1日長庚醫療團隊進駐。